-연 혁
  1948. 09 재단법인 한국농업과학연구소로 발족(부산 동래)
  1953. 05 중앙원예기술원으로 개칭
  1957. 05 농사원 원예시험장으로 개칭
  1962. 04 농촌진흥청 원예시험장으로 개칭
  1967. 01 본장을 서울에서 수원시 이목동으로 이전
  1991. 11 기구개편으로 원예시험장과 과수연구소 신설 분리
  1994. 12 농촌진흥청 원예연구소로 직제 개편(대통령령 제 14455호)
  1999. 05 제주감귤연구소를 제주농업시험장에 이관
  2004. 01 부산원예시험장과 시설재배과 통합하여 시설원예시험장 신설
  2006. 01 책임운영기관 전환
  2008. 10 국립원예특작과학원으로 직제개편(대통령령 제 21078호)

- 비 전
  최고 수준의 기술개발 목표 달성으로 원예특작산업의 지속적 발전과 공익적 가치 추구

- 임 무
  원예·특용작물의 품종 개량 및 유전육종법 개발·연구
  원예·특용작물의 안전성·기능성 향성 및 재배방법 개선에 관한 연구
  원예·특죵작물의 생상성 증대, 품질향상 및 생산비절감에 관한 연구
  원예·특용작물의 병해충, 바이러스의 진단·생태 및 방제에 관한 연구
  원예·특용작물의 시비법 개선, 토양 및 양·수분 관리 연구
  원예·특용작물의 시설재배·환경 및 품질보전에 관한 연구
  생명공학기술에 의한 원예·특용작물의 개발에 관한 연구
  원예·특용작물 분야 기술지원 밍 홍보

- 중장기 사업목표 및 추진전략
  1) 비 젼
    -- 최고 수준의 기술개발에 선도하는 사업목표 달성으로 원예특작산업의 지속적 발전과 경쟁력 증진
  2) 운영목표
    -- 시장 및 수요자 중심의 연구운영, 홍보 시스템을 통한 핵심 원예특작기술 개발·보급
    -- 성과중심의 기관운영 및 인사·조식·예산 관리의 효율성 향상
  3) 비 션
    -- 국제 경쟁력에서 앞서는 고품질·기능성 원예특용작물 품종개발
    -- 원예특용작물 친환경 안전성 확보 기술 개발로 고객만족도 제고
    -- 고부가가치 첨단농업기술 개발로 원예특작산업의 성장 잠재력 확충
    -- 원예특용작물 신품종·신기술 조기 보급으로 대국민 원예기술 서비스의 질적 향상
    -- 기관혁신을 위한 시스템·제도 개선 및 자율적 혁신 분위기 정착